Конечно сам диск — hdd/ ssd! У вас на флешке образ вашей системы или образ Windows?
Так или иначе при установки системы на чистый диск при отключенном «Secure Boot» и при включенном usb носителе установленного в главной роли, у вас должна пойти загрузка …
Где вы сможете сделать разметки и отформатировать в подходящею файловую систему!
Или у вас есть клон Windows? Мы о клоне рассказывали тут и как его сделать на тот случай, когда случается аварийные происшествия с компьютером.